Ένα από τα βασικά στοιχεία που κρίνουν το πόσο καλά σχεδιασμένο είναι ένα σύστημα είναι η ποιότητα του νερού που απορρέει από αυτό. Τα συστήματα συλλογής και διαχείρισης νερού αποτελούν τη ραχοκοκκαλιά του σχεδιασμού περμακουλτούρας και τη βάση για την ανάπτυξη όλων των συστημάτων παραγωγής τροφής. Στόχος αυτών των συστημάτων είναι η συγκράτηση και η αξιοποίηση της συνολικής ποσότητας νερού που είναι διαθέσιμη σε ένα κομμάτι γης με το βέλτιστο τρόπο. Μέσω κατάλληλα σχεδιασμένων κατασκευών, το νερό συγκρατείται και απορροφάται από το έδαφος ενισχύοντας τη βιολογική του δραστηριότητα και αναπληρώνοντας τα υπόγεια αποθέματα. Έτσι τελικά αποκαθίσταται τοπικά ο πλήρης κύκλος του νερού και καθώς αναζωογονούνται τα εδάφη, αυξάνεται συνεχώς η ποσότητα του νερού που συγκρατείται μέσα στη ζωντανή βιομάζα που υποστηρίζουν.

Τα συστήματα διαχείρισης νερού περιλαμβάνουν:

• κατασκευές για τη συλλογή και την αποθήκευση του βρόχινου νερού

• χωματουργικά έργα (χαντάκια, τάφροι, λίμνες, φράγματα) τα οποία σχεδιάζονται με βάση το ανάγλυφο του εδάφους και διαμορφώνουν έτσι το τοπίο ώστε να συγκρατεί το βρόχινο νερό διευκολύνοντας την απορρόφηση του από το έδαφος

• εφαρμογή τεχνικών για τη βελτιστοποίηση της ικανότητας του εδάφους να απορροφά και να συγκρατεί υγρασία και την ενίσχυση της βιολογικής του δραστηριότητας

• συστήματα συλλογής και βιολογικής επεξεργασίας των γκρίζων νερών (που απορρέουν από κουζίνες και μπάνια)

Ένας από τους βασικούς στόχους του σχεδιασμού του αγρόκτημα της Νέας Γουινέας είναι η μετατροπή του σε ένα τοπίο ειδικά διαμορφωμένο για τη συγκράτηση του νερού (water retention landscape). O σχεδιασμός περιλαμβάνει:

• συστήματα συλλογής νερού από τις οροφές των κατασκευών που βρίσκονται μέσα στο αγρόκτημα

• χαντάκια και μικρά αναχώματα και τάφρους για την συγκράτηση του βρόχινου νερού κατά μήκος των ισοϋψών καμπυλών

• σύστημα καθαρισμού γκρίζων νερών αποτελούμενο από γούρνες με κατάλληλα υδρόβια φυτά

• λίμνη για τη συλλογή και την συγκράτηση του νερού της βροχής και του νερού που απορρέει από το σύστημα καθαρισμού

• αναζωογόνηση των εδαφών μέσω διαφορετικών τεχνικών βιολογικής λίπανσης (χλωρή λίπανση, κομποστ, κοπριά, οργανικά διαλύματα, κ.α), εδαφοκάλυψης και ενσωμάτωσης οργανικής ουσίας μέσω της βιολογικής δραστηριότητας ζώων που βόσκουν